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福州航空航线主要会聚集在东南沿海地区，从福州出发可以飞往沈阳、济南、东莞、重庆等多个城市；也可以飞往东南亚地区如越南、缅甸、泰国、印度尼西亚等国家；此外还可以飞往澳大利亚、日本、韩国等国家。
上海、北京、哈尔滨、牡丹江、齐齐哈尔、长春、延吉、通化、沈阳、大连、锦州、天津、呼和浩特、赤峰、乌海、乌鲁木齐、哈密、喀什、银川、西宁、玉树、兰州、嘉峪关、西安、拉萨、成都、宜宾、泸州、重庆、贵阳、遵义、六盘水、兴义、昆明、大理、保山、昭通、景洪、丽江。
芒市、香格里拉、迪庆、文山、临沧、太原、大同、吕梁、运城、邯郸、济南、青岛、威海、烟台、郑州、洛阳、信阳、合肥、南京、盐城、常州、无锡、淮安、武汉、宜昌、长沙。
张家界、南昌、赣州、井冈山、杭州、宁波、温州、舟山、台州、福州、厦门、武夷山、台北、高雄、南宁、桂林、柳州、北海、百色、海口、三亚、广州、深圳、珠海、湛江、惠州、揭阳、香港、澳门。
国外：
亚洲：首尔、釜山、济州岛、大邱、务安、东京、大阪、福冈、札幌、名古屋、广岛、长崎、鹿儿岛、小松、河内、胡志明市、岘港、万象、朗勃拉邦、仰光、曼德勒、曼谷。
普吉岛、清迈、甲米、金边、清莱、暹粒、新加坡、雅加达、巴厘岛、马尼拉、宿务、安吉利斯马布拉卡特、德里、加尔各答、达卡、加德满都、科伦坡、马累、迪拜
欧洲：莫斯科、布拉格、法兰克福、罗马、阿姆斯特丹、巴黎、伦敦
大洋洲：悉尼、墨尔本、布里斯班、奥克兰
北美洲：纽约、芝加哥、旧金山、洛杉矶、火奴鲁鲁、温哥华、多伦多
上海浦东—纽约每周两班
多伦多每周一班，巴黎每周一班，法兰克福每周一班
杭州—法兰克福每周一班
惠林顿每周一班
悉尼，
杭州—悉尼
仁川每周一班
烟台—仁川
东京
西安—东京
吉隆坡 ，曼谷，马尼拉，新加坡，
西安—新加坡 昆明—曼谷
昆明—仰光，万象每周两班，新德里
以上航班每周一班
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